Trinity，主要完成转录组数据的从头拼接，获得长的转录本序列。安装及使用非常简单。
官网：trinityrnaseq
一、安装
#依赖比较多，不建议手动安装。建议创建单独环境使用conda一键安装trinity，这样所有的依赖包都会自动安装完成。但需要注意conda安装的版本不是最新版本。
conda create -n trinity trinity
conda update trinity
#下载官网最新的安装包，选择有测试数据的版本
cd ~/biosoft
wget https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases/download/Trinity-v2.14.0/trinityrnaseq-v2.14.0.FULL.tar.gz
tar vxzf *.gz
cd tri*
make
~/biosoft/trinityrnaseq-v2.14.0/Trinity
#测试
cd ~/biosoft/trinityrnaseq-v2.14.0/sample_data/test_Trinity_Assembly
vim runMe.sh
#添加TRINITY_HOME信息
TRINITY_HOME=~/biosoft/trinityrnaseq-v2.14.0
#通过提供的脚本直接运行
bash runMe.sh
#Find assembled transcripts as: 'trinity_out_dir.Trinity.fasta'
二、使用
#使用官网下载编译的trinity
~/biosoft/trinityrnaseq-v2.14.0/Trinity --seqType fq --left reads_1.fq --right reads_2.fq --CPU 6 --max_memory 20G
#参数说明
--seqType: types of reads ('fa' or 'fq')
--left: one of PE reads
--right: one of PE reads
--CPU: threads
--max_memory: suggested max memory to use by Trinity
#运行完成后，trinity_out_dir.Trinity.fasta就是拼接好的转录本