抗生素如果畸形精子症是病原微生物感染导致，可通过药敏试验选用敏感抗生素治疗，如盐酸左氧氟沙星、阿奇霉素。
抗氧化剂过氧化物或氧自由基常是导致精子畸形的直接损伤因子，因此大多数患者使用抗氧化剂治疗能收到较好的疗效，常用抗氧化剂有维生素E、维生素C和谷胱甘肽。
泛醇主要是用来改善精子活力和形态，泛醇是辅酶Q10的还原型，Cakiroglu等应用于经验性治疗弱畸精子症特发性不育患者(精子浓度>13×106/ml)。
左卡尼汀左卡尼汀(Levocarnitine Oral Solution，LOS)能起到改善精液质量的作用，过多LOS常常是导致精子畸形的直接因素。左卡尼汀作为一种有效的抗氧化物质，可以阻止LOS产生及清除LOS，保护精子免遭氧化损伤，提高精子活力、a级精子和正常形态精子百分率，可改善卵胞浆内单精子注射(ICSI)的妊娠率和活产率等结局。
α-生育酚α-生育酚改善体外孵育精子参数。有研究表明α-生育酚(维生素E)与畸形精子症患者上游法获得的精子标本体外孵育，发现能够提高精子的存活率和活力，但对顶体反应和DNA碎片没有改善作用。
肌醇肌醇(myo-inositol，MYO)对正常精子患者的精子线粒体功能没有影响，但对少弱畸精子症患者能够显著地提高那些高线粒体膜电位(MMP)精子数量和降低那些低MMP精子数量。